免疫接種是禽病綜合預防措施中的重要一環，但在生產實際中，接種疫苗后未能獲得預期效果的情況時有發生，原因是多方面的。
（一）疫苗質量不佳 疫苗質量不符合標準，如病毒或細菌的含量不足、凍干或密封不佳、油乳劑疫苗油水分層、氫氧化鋁佐劑顆粒過粗；疫苗在運輸或保管過程中因溫度過高或反復凍融減效或失效，油佐劑疫苗被凍結或疫苗已超過有效期等。
（二）疫苗選擇不當 疾病診斷不準確，接種的疫苗與發生的疾病或血清型不對應。
（三）免疫程序 在制訂免疫程序時對諸多有關的因素考慮不周，以致達不到預期的免疫效果。例如，未注意到疾病的齡期敏感性、疾病的流行季節、本場疾病威脅、家禽品種或品系之間的差異、母源抗體的影響、疫苗的聯合使用或重復使用的影響、其他人為的因素、地理環境和氣候條件的影響等。
（四）疫苗稀釋失誤 稀釋液不當，例如馬立克氏病疫苗沒有使用指定的特殊稀釋液稀釋；飲水免疫時僅用自來水稀釋而沒有加脫脂乳，或用一般井水稀釋疫苗以致其酸堿度及離子對疫苗產生較大的影響；有時由于操作人員粗心大意造成稀釋液量的計算或稱量差錯，致使稀釋液量偏大；在直射陽光下或風沙較大的環境下稀釋疫苗。對于一些需用液氮罐低溫保存的疫苗，如不嚴格按規程稀釋，疫苗的質量很易受到嚴重的破壞。從稀釋后到免疫接種之間的時間太長，例如有些雞場一次需要接種幾千甚至幾萬只雞，接種前將幾十瓶甚至上百瓶疫苗一次稀釋完，置于常溫下不斷使用，這樣越往后用的疫苗，效價就越低，尤其是在稀釋液質量不好或環境溫度偏高的情況下，效果更差。在稀釋液中加入抗生素或其他化學藥物，例如慶大霉素、鏈霉素等，這些藥物對疫苗病毒雖無直接殺滅作用，但當濃度較高時，隨著pH值、離子濃度、滲透壓的改變，對疫苗中的病毒也會有不良影響。
（五）接種途徑選擇不當 每一種疫苗均有其最佳接種途徑，如隨便改變可能會影響免疫效果，例如當雞新城疫Ⅰ系疫苗用飲水免疫、傳染性喉氣管炎疫苗用飲水或者肌注免疫時，效果都較差。
（六）免疫接種時的錯漏 采用飲水免疫時飲水的質量、數量、飲水器的分布、飲水器衛生不符合標準。在氣霧免疫時氣霧的霧滴大小、噴霧的高度或速度不恰當，以及環境、氣流不符合標準等。滴眼、滴鼻免疫不正確操作，有時在疫苗滴尚未進入眼內或鼻內，就將雞放回地面，因而就沒有足夠的疫苗液進入眼內或鼻內。注射的部位不當或針頭太粗，當針頭拔出后疫苗液即倒流出來；或針頭刺在皮膚之外，疫苗液噴射出體外；或將疫苗液射入胸腔、腹腔內；或連續注射器的定量控制失靈，使注射量不足等。
（七）多種疫苗之間的干擾作用 嚴格地說，多種疫苗同時使用或在相近時間接種時，疫苗病毒之間都可能會產生干擾作用。例如，傳染性支氣管炎疫苗病毒對雞新城疫疫苗病毒的干擾作用，使雞新城疫疫苗的免疫效果受到影響。
（八）抗菌藥物對弱毒活菌苗的作用，抗病毒藥對弱毒疫苗的影響 一些人在接種弱毒活菌苗期間，例如接種禽霍亂弱毒菌苗時在飼料或飲水中加入抗菌藥物，就會明顯影響菌苗的免疫效果；在接種病毒疫苗期間使用抗病毒藥物，如病毒唑、病毒靈等也可能影響疫苗的免疫效果。
（九）免疫缺陷 禽群內某些個體的r-球蛋白、免疫球蛋白A缺乏等免疫缺陷，對抗原的刺激不能產生正常的免疫應答，影響免疫效果。
（十）免疫麻痹 在一定限度內，抗體的產生隨抗原的用量而增加，但抗原量過多，超過一定的限度，抗體的形成反而受到抑制，這種現象稱為“免疫麻痹”。有些養雞場超劑量多次注射免疫，這樣可能引起機體的免疫麻痹，往往達不到預期的效果。
（十一）免疫抑制 受免疫抑制的機體在接種疫苗后，不能形成預期的免疫反應。免疫抑制的原因很多，例如，機體營養狀況不佳，缺乏維生素E、C，缺鋅、氯、鈉，饑餓，缺水等；各種應激因素；機體健康狀況不佳，雞貧血因子病毒、傳染性囊病病毒和馬立克氏病病毒等感染。
（十二）幼禽免疫器官未成熟 一些在實驗室內接種SPF雞后產生很好免疫效果的疫苗，在接種幼齡禽群時，由于幼齡禽的免疫器官尚未完全成熟，免疫反應也不健全，所以往往不能獲得堅強的免疫保護作用，這也常是幼齡禽易發生傳染病的重要原因之一。
（十三）機體的非特異性免疫功能的失常 例如，皮膚或黏膜的損傷、血腦屏障、吞噬作用減弱等也會影響機體的總體免疫保護效果。
（十四）抗原的變異、超強毒株或新血清型的出現等 例如，由于超強毒力型的雞傳染性囊病病毒和馬立克氏病病毒的出現，禽群接種一些常規疫苗后，往往未能有效抵抗超強毒株的感染。